Em 2016, o EC Vila Nova/Independente de Passo Fundo participou de novas competições e firmou mais parcerias. Em janeiro, veio o acordo com o Passo Fundo Futsal, permitindo o funcionamento, no Ginásio Capinguí, da escolinha de futsal para atletas dos seis aos 15 anos. As competições iniciaram com a 10ª Copa Eurovale, em Teutônia, com as equipes sub-11, sub-14 e sub-16. Logo depois, em Santa Catarina, participou da 1ª Copa Maravilha de Futebol, com as equipes sub-13, sub-15 e sub-17. A categoria sub-13 voltou com a taça de campeã. No mês de abril uma nova conquista, desta vez em São João do Oeste, SC, onde os garotos do time sub-14 ergueram a taça de campeões da Copa Lac Lélo.
Estadual
As equipes do Vila Nova/Independente disputaram o Campeonato Estadual de Futebol para Categorias de Base 2016. Os representantes de Passo Fundo finalizaram as etapas classificatórias com chances de classificação às semifinais em quatro categorias. Na classificação geral do Estadual, o Vila/Independente ficou entre os cinco melhores times do Rio Grande do Sul. Já pelo Estadual Juvenil B e pelo Estadual Infantil, suas equipes disputaram até a terceira fase. No Campeonato Regional, o time sub-15 foi campeão. Outro título foi conquistado no Campeonato Municipal.
